Le 10 juin 1940, la Gestapo prend le contrôle de Theresienstadt et installe une prison dans la Kleine Festung (petite forteresse).
Le 24 octobre 1941, le site est transformé en camp de transit pour les Juifs tchèques avant la déportation à l'Est.
En même temps, Theresienstadt devient un ghetto pour les Juifs allemands et autrichiens âgés ou célèbres.
Pour le monde extérieur, Theresienstadt est présenté par les nazis comme une colonie juive modèle.
Mais à l'intérieur, il s'agit d'un camp de concentration. Un grand nombre de Juifs provenant de Tchécoslovaquie, environ 7 000, sont notamment enfermés à Theresienstadt.
Des dizaines de milliers de personnes y périrent, certaines assassinées, d'autres sont mortes de malnutrition et de maladie.
Plus de 150 000 personnes, y compris des dizaines de milliers d'enfants y ont été détenues avant d'être transportées par chemin de fer vers les camps d'extermination
de Treblinka et Auschwitz ainsi que vers des camps plus petits.
La gestion au quotidien du camp était confiée à un conseil des anciens, composé au départ de membres de la communauté juive de Prague, la Jüdische Kultusgemeinde (JKG),
puis élargie ensuite à des responsables juifs de Berlin et Vienne. Ce conseil avait la lourde responsabilité de désigner ceux qui allaient être exterminés.
Le 3 mai 1945, le contrôle du camp est transféré par les Allemands à la Croix-Rouge.
Le maquis tchèque pénètre en premier à Theresienstadt suivi par L'Armée rouge quelques jours plus tard, le 8 mai 1945.
Des actes de vengeance tolérés par les autorités soviétiques, sont commis par des survivants contre d'ex-Kapos, mais aussi des civils allemands.
Theresienstadt devient un camp de détention de ceux-ci, dans le cadre de l'internement des Allemands des Sudètes.
Les conditions de détention y sont décrites par les témoins comme similaires à celles auparavant imposées par les nazis à leurs propres victimes.
Dans le même temps, certains des survivants juifs de Theresienstadt, lors de leur retour vers la Pologne, sont témoins ou victimes de l'antisémitisme polonaise.
Les prisonniers
La fonction de Theresienstadt évolue rapidement après que Joseph Goebbels et Reinhard Heydrich prennent conscience que la disparition de certains Juifs renommés,
ou Prominenten, (artistes, savants, décorés ou mutilés de la Première Guerre mondiale) ne manquerait pas de susciter des questions
quant au sort réservé au peuple juif tout entier.
C’est le 20 janvier 1942, lors de la conférence de Wannsee, que le double statut de Theresienstadt — camp de transit pour les Juifs du Protectorat de Bohême-Moravie
et ghetto pour les Juifs du Reich âgés de plus de 65 ans (Ältersghetto), où ils pourront s’éteindre d’eux-mêmes, et pour les Prominenten —, est officialisé.
À partir de 1943, les « cas particuliers » des lois de Nuremberg (mariages mixtes, « demi-Juifs » issus d’un parent non juif, etc.) peuvent y être envoyés.
Le camp de Theresienstadt — où la correspondance écrite (courrier) avec l’extérieur sera encouragée tout en étant rigoureusement surveillée, voire manipulée
— est donc conçu par Heydrich pour répondre aux interrogations de l’opinion publique sur le traitement des Juifs dans les camps.
Des artistes de premier ordre sont passés par Theresienstadt : écrivains, peintres, scientifiques, juristes, diplomates, musiciens et universitaires.
Beaucoup trouvèrent la mort à Auschwitz-Birkenau.
La communauté de Theresienstadt veille à ce que les enfants bénéficient d'une éducation : des classes quotidiennes et des activités sportives sont organisées,
le magazine Vedem est publié. 15 000 enfants bénéficient de ces mesures. Parmi ceux-ci, à peine 1 100 étaient encore en vie à la fin de la guerre.
D'autres estimations font état d'à peine 150 enfants survivants.
Les conditions de vie à Theresienstadt sont extrêmement difficiles. Sur une superficie qui accueillait jusque-là 7 000 Tchèques, environ 50 000 Juifs sont rassemblés.
La nourriture est rare : en 1942, environ 16 000 personnes meurent de faim ; parmi elles, Esther Adolphine, une sœur de Sigmund Freud, qui décède le 29 septembre 1942.
En 1943, 500 Juifs du Danemark sont déportés à Theresienstadt, après avoir failli s'enfuir en Suède à l'arrivée des nazis.
Cette arrivée de Danois aura une conséquence importante : le gouvernement danois insiste en effet pour que la Croix-Rouge ait accès au ghetto,
à l'inverse de la plupart des gouvernements européens, qui ne s'occupent guère du traitement réservé à leurs citoyens juifs.